🌈 常用核酸染料比较表
EB、GelRed、SYBR Safe、GoldView、SYBR Gold 等常用核酸电泳染料的灵敏度、波长、染色方式和毒性比较表。
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工具说明
适用场景
琼脂糖和 PAGE 凝胶电泳后需要染色观察核酸条带，不同染料的灵敏度、激发/发射波长、染色方式和毒性差异很大。 本表覆盖 8 种常用核酸染料的特性对比，适合在选染料、排查”看不到条带""条带弥散""切胶回收效率低”时直接对照查阅，根据灵敏度需求、安全要求和下游应用合理选择。
参数速查表
| 染料 | 灵敏度 | 激发/发射波长 | 染色方式 | 毒性 | 注意事项 |
|---|---|---|---|---|---|
| EB (Ethidium Bromide) | 1–5 ng | 300 nm / 600 nm | 后染或胶内 | 致突变（强） | 最经典；需特殊废弃物处理；紫外下粉红荧光 |
| GelRed | 1–5 ng | 300 nm / 600 nm | 后染或胶内 | 低毒 | EB 替代品；不能穿透完整细胞膜，更安全；后染略慢 |
| SYBR Safe | 1–5 ng | 300 nm / 520 nm | 后染或胶内 | 低毒 | 蓝光可见，免紫外切胶；兼容下游克隆和测序 |
| GoldView | 类似 EB（1–5 ng） | 300 nm / 600 nm | 后染 | 低毒 | 国产替代品；紫外下绿色荧光；灵敏度略低于 EB |
| Midori Green | 1–5 ng | 类似 SYBR（300/520 nm） | 后染或胶内 | 低毒 | 兼容蓝光切胶；后染速度快，5–10 min |
| FastBlast | 类似 EB（1–5 ng） | 300 nm / 600 nm | 后染 | 低毒 | 快速染色 5 min；适合教学和常规检测 |
| SYBR Gold | 高灵敏度（< 1 ng） | 300 nm / 520 nm | 后染 | 低毒 | RNA/DNA 均适用；降解 RNA 检测首选；蓝光可见 |
| Crystal Violet | 低灵敏度（> 50 ng） | 590 nm（可见光） | 后染或胶内 | 无毒 | 教学用；无需紫外，肉眼可见紫色；灵敏度低 |
使用注意
- EB 虽然致突变，但仍是灵敏度和稳定性的金标准；务必单独操作台、专用废弃物容器、戴手套；EB 废液需用活性炭或专用试剂盒处理后丢弃，不可直接倒入下水道。
- “低毒”染料并非绝对无毒：GelRed、SYBR Safe 等 Ames 试验致突变性远低于 EB，但仍建议戴手套操作；其废弃物可按普通化学废液处理，部分实验室仍按危险废弃物规范管理。
- 胶内染色（染料加入凝胶）方便但染料会影响 DNA 迁移和下游酶反应；后染（电泳后将胶浸泡在染液中）灵敏度更高、对样本无影响，回收样本优先用后染。
- 后染时间影响灵敏度：EB 后染 15–30 min，GelRed/SYBR Safe 后染 30–60 min；脱色（用水或缓冲液浸泡 10–15 min）可降低背景、提高对比度。
- 紫外照射会损伤 DNA，影响后续克隆和连接效率；切胶回收优先用蓝光（470 nm）激发的染料（SYBR Safe、SYBR Gold、Midori Green），对 DNA 损伤小、回收效率高。
- SYBR Gold 对 RNA 灵敏度最高，适合检测降解 RNA、miRNA 等；但 SYBR Gold 不能胶内加，必须后染，且染色后荧光衰减快需及时观察。
- Crystal Violet 灵敏度低（> 50 ng）但完全无毒、无需紫外，适合中学教学、粗定量和大量样本初筛；正式实验仍需 EB 或 GelRed。
- 染色后观察时紫外强度和曝光时间会影响条带表现：长时间紫外照射导致条带弥散和 DNA 损伤，建议短时低强度观察；可参考 凝胶电泳条带弥散排查。
常见问题
EB 替代品 GelRed 和 SYBR Safe 真的安全吗？灵敏度有差异吗？
Ames 试验和细胞毒性试验表明 GelRed 和 SYBR Safe 的致突变性显著低于 EB（通常低 1–2 个数量级），且不能穿透完整细胞膜进入活细胞，操作安全性更好。灵敏度上三者相近（1–5 ng），但 GelRed 后染背景略高、SYBR Safe 蓝光下信号略弱于 EB 紫外下的粉红荧光。常规检测和教学优先用低毒替代品；要求极限灵敏度或老实验室沿用 EB 仍可接受。
切胶回收 DNA 用哪种染料最好？
优先用 SYBR Safe 或 SYBR Gold 配合蓝光（470 nm）切胶仪。紫外照射 30 s 以上就会造成显著 DNA 损伤（嘧啶二聚体），影响后续克隆和连接效率；蓝光对 DNA 几乎无损伤，回收效率可提高 30%–50%。GelRed 和 Midori Green 也兼容蓝光，但荧光强度略弱。务必用后染而非胶内，胶内染料残留会影响后续酶反应。可参考 凝胶 DNA 回收指南。
胶内加染料和后染怎么选？
胶内加（pre-cast）操作快、无需额外染色步骤，适合高通量和常规检测；但染料会轻微影响 DNA 迁移率，且胶内染料残留影响后续回收、克隆和酶切。后染（post-stain）灵敏度更高、对样本无影响、回收样本纯度更好，适合需要回收和下游应用的实验。教学和粗筛可用胶内；正式实验和回收样本优先后染。可参考 凝胶电泳上样指南。
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