先回答 4 个问题
在做 DNA 甲基化实验前，先不要急着选试剂盒，先把这 4 个问题说清楚：
- 你要看的是全局甲基化趋势，还是单个位点差异
- 你是做发现性筛查，还是做验证性实验
- 你的样本量和 DNA 质量是否足够
- 你最终需要的是定性判断、相对差异，还是高分辨率位点信息
这 4 个问题决定了你更适合走芯片、富集、测序，还是 PCR 验证路线。
常见技术路线怎么分
位点级验证：亚硫酸氢盐处理后 PCR / 测序
如果你已经有候选基因或候选区域，最常见的验证路线是亚硫酸氢盐转化后，再做甲基化特异性 PCR、焦磷酸测序或目标区域测序。
这类方法分辨率高，适合回答“某个位点到底有没有差异”。
区域富集：MeDIP / hMeDIP
如果你更关心大片段区域的富集差异，而不是逐 CpG 定量，MeDIP 更适合做筛查。
它依赖抗体富集，适合看趋势和候选区域，但不适合把结果解读成精确的单个位点甲基化比例。
大规模筛查：甲基化芯片
芯片适合样本数较多、需要在较大范围上做组间比较的场景。
优点是通量高、分析流程成熟；缺点是依赖预设探针，对未覆盖区域无能为力。
全基因组方案：WGBS / RRBS
如果目标是系统性研究，且预算和分析能力允许，可以考虑全基因组亚硫酸氢盐测序或简化基因组亚硫酸氢盐测序。
这类方法信息量最大，但对样本质量、建库和后续分析要求也最高。
选方法时最容易忽略的 3 个限制
DNA 质量不够
甲基化实验对 DNA 完整性和纯度要求通常高于普通 PCR。
如果样本本身已经降解，后面不管用芯片、富集还是测序，都会把问题放大。
样本量和重复数不够
发现性实验最怕只有少量样本、却想得出稳定结论。
如果样本数不够，优先缩小问题范围，先做验证性方案，不要一开始就追求全基因组。
把筛查方案当成验证方案
芯片和 MeDIP 更适合提供候选结果，不适合直接替代位点级验证。
一旦需要写结论或继续功能实验，往往还要回到亚硫酸氢盐处理后的定点验证。
推荐的决策顺序
- 先明确是“发现”还是“验证”
- 再根据样本量和 DNA 质量筛掉不现实的方法
- 最后再比较预算、周期和分析复杂度
如果你的目标只是验证几个候选区域，优先从亚硫酸氢盐处理后的 PCR / 测序方案开始，通常比直接上芯片或大测序更稳。
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本文用于科研实验排查与条件优化，不替代实验室 SOP、试剂说明书或医学判断。