RNA 完整性判断：凝胶电泳与 Bioanalyzer

为什么 RNA 完整性很重要

RNA 完整性直接影响 RT-qPCR、RNA-seq、Northern blot 等下游实验的可靠性。轻度降解会导致基因表达定量不准确，严重降解则直接导致实验失败。

凝胶电泳判断方法

正常 RNA 电泳图

真核生物完整 RNA 应呈现 28S、18S、5S 三条清晰条带，28S 条带亮度约为 18S 的两倍。

降解的典型表现

降解 RNA 的凝胶图呈现弥散状，28S 和 18S 条带模糊或消失，出现拖尾。严重降解时呈 Smear 状，几乎看不到清晰条带。

判断标准

轻微降解时 28S 和 18S 仍可见但边缘模糊，适合做 RT-PCR 但不适合做 RNA-seq。中度降解时仅有 18S 可见，5S 区弥散，仅能做较短片段的 RT-PCR。严重降解时无法用于大多数下游实验。

Bioanalyzer 与 RIN 值

Agilent Bioanalyzer 能给出 RIN 值（RNA Integrity Number），这是评估 RNA 完整性的金标准。RIN 10 表示最完整，RIN 1 表示完全降解。

RIN 值参考标准

RIN 大于 8.0 表示 RNA 完整性优秀，适合所有下游应用包括 RNA-seq。RIN 7.0-8.0 表示轻度降解，适合大多数基因表达分析。RIN 5.0-7.0 表示中度降解，仅适合较短片段扩增。RIN 小于 5.0 表示严重降解，下游应用受限。

注意事项

凝胶电泳判断主观性较强，不同操作者可能给出不同结论。有条件时优先使用 Bioanalyzer 或 TapeStation 等仪器检测。样品应始终保存于 -80°C 并避免反复冻融。