避坑清单

RNA 提取避坑清单:开始前必须注意的 11 件事

做 RNA 提取前把 RNase 防控、试剂比例、相分离、沉淀、洗涤和保存这些环节想清楚,能避免 RIN 低、A260/230 偏低和反复降解。

更新于 2026-09-04 3 分钟
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做之前先确认这些

  • 器械已处理:玻璃器皿 200°C 干烤 ≥ 4 h,塑料耗材用 DEPC 水浸泡或买 RNase-free 规格
  • 操作区域干净:有 RNase-free 专区,台面用 RNase Away 喷擦
  • 样品处理路径明确:新鲜样品立即裂解,或液氮速冻后 -80°C 保存,不反复冻融
  • TRIzol / 裂解液比例已算好:1 mL per 5–10 × 10⁶ 细胞,或 1 mL per 50–100 mg 组织
  • 异丙醇、75% 乙醇已预冷(-20°C),RNA 溶解水已确认是 RNase-free

最常见的坑

  1. RNase 防控不到位:RNase 无处不在,器械没干烤、台面没擦、手套没换,微量残留就能降解整管 RNA
  2. 操作区域不专用:在跑过 PCR 或切过组织的台面上提 RNA,气溶胶和接触污染瞬间让样品报废
  3. 样品反复冻融:-80°C 取出 → 融 → 再冻,每次都让 RIN 掉一截;新鲜样品没及时裂解,内源 RNase 开始工作
  4. TRIzol 比例不对:细胞数过多或组织量过大,裂解不彻底,相分离也分不清
  5. 相分离等不足:加氯仿后没静置够 5 min 就离心,水相和有机相分不开
  6. 吸到中间层:吸水相时贪多,把蛋白层和有机相带过去,纯度直接崩
  7. 异丙醇沉淀温度不够低:室温沉淀或时间太短,低浓度 RNA 沉不下来,得率骤降
  8. 75% 乙醇洗涤不充分:残留盐和胍盐影响 A260/230 和下游酶反应
  9. 用 DEPC 水溶解 RNA:DEPC 残留会抑制下游逆转录和 PCR,必须用 RNase-free 纯水
  10. 测浓度前不离心:管底有不溶物直接测 NanoDrop,吸光值虚高
  11. 反复冻融 RNA 样品:保存不分装,每次取用都解冻一次,RIN 直线下降

每一步的关键细节

  • 器械处理:玻璃 200°C 干烤 4 h;塑料用 0.1% DEPC 水浸泡过夜后高压灭菌 15 min
  • 操作环境:戴口罩和双层手套,操作中说话避免;枪头、离心管全程用 RNase-free 规格
  • 样品处理:组织离体后 5 min 内液氮速冻;细胞直接吸培养基加 TRIzol 裂解,不需要 PBS 洗第二次
  • TRIzol 比例:6 cm 皿(约 5 × 10⁶ 细胞)用 1 mL;组织每 50–100 mg 用 1 mL,匀浆要彻底
  • 相分离:加氯仿(1 mL TRIzol 加 200 μL 氯仿),盖紧剧烈振荡 15 s,室温静置 5 min 再 4°C 12 000 g 离心 15 min
  • 吸水相:吸上清的 70–80% 即可,宁可少吸不要吸到中间层;枪头换新的,吸一管换一次
  • 异丙醇沉淀:-20°C 30 min 或 -80°C 15 min,低浓度样本延长到 1 h;离心后弃上清留底部白色 pellet
  • 75% 乙醇洗涤:用 -20°C 预冷的 75% 乙醇,弹起 pellet 后 4°C 7 500 g 离心 5 min,洗涤 2 次
  • RNA 溶解:用 RNase-free 纯水(不要用 DEPC 水),10–50 μL 视 pellet 大小调整,静置 5 min 让其充分溶解
  • 测浓度:先用 NanoDrop 测 A260/A280/A230,用 OD260 核酸浓度计算器 换算浓度和纯度;RIN 鉴定上 Bioanalyzer 或跑普通凝胶
  • 保存:分装成 5–10 μL / 管,-80°C 冻存,每次取一管用完即弃,不要回冻

出了问题怎么办

提取结果异常按以下顺序排查:RIN 低或降解先看采集和裂解时机(rna-degradation-troubleshooting);完整性判断见 rna-integrity-assessment;A260/230 低查洗涤和沉淀(nanodrop-ratio-interpretation-decision);纯化脱盐见 nucleic-acid-purification-desalting-strategies;浓度测定见 nucleic-acid-quantitation;流程总览参考 rna-extraction-guide;DNA/RNA 共提参考 dna-rna-co-extraction。

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